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Le canton Auxonne possède 35 communes.
| Code | Nom | Population ▼ |
|---|---|---|
| 21038 | Auxonne | 7 581 |
| 21337 | Lamarche-sur-Saône | 1 382 |
| 21496 | Pontailler-sur-Saône | 1 277 |
| 21699 | Villers-les-Pots | 1 220 |
| 21076 | Binges | 880 |
| 21028 | Athée | 815 |
| 21371 | Les Maillys | 803 |
| 21639 | Tillenay | 743 |
| 21482 | Perrigny-sur-l'Ognon | 655 |
| 21138 | Champdôtre | 600 |
| 21493 | Poncey-lès-Athée | 577 |
| 21618 | Talmay | 528 |
| 21680 | Vielverge | 495 |
| 21609 | Soirans | 494 |
| 21269 | Flammerans | 458 |
| 21643 | Tréclun | 423 |
| 21398 | Maxilly-sur-Saône | 364 |
| 21713 | Vonges | 358 |
| 21610 | Soissons-sur-Nacey | 355 |
| 21331 | Labergement-lès-Auxonne | 350 |
| 21316 | Heuilley-sur-Saône | 345 |
| 21256 | Étevaux | 305 |
| 21367 | Magny-Montarlot | 262 |
| 21556 | Saint-Léger-Triey | 258 |
| 21074 | Billey | 245 |
| 21437 | Montmançon | 237 |
| 21571 | Saint-Sauveur | 225 |
| 21268 | Flagey-lès-Auxonne | 214 |
| 21175 | Cirey-lès-Pontailler | 181 |
| 21233 | Drambon | 179 |
| 21180 | Cléry | 159 |
| 21495 | Pont | 157 |
| 21624 | Tellecey | 143 |
| 21701 | Villers-Rotin | 124 |
| 21376 | Marandeuil | 100 |